软件权利可以通过以下几种方式进行保护：
版权法保护
软件在创作完成后自动享有著作权，无需进行登记或其他形式的申请。版权保护内容包括发表权、开发者身份权、使用权、使用许可权和获得报酬权、转让权等。
版权保护的范围主要涉及软件的功能、结构、界面等方面。
商标法保护
软件可以通过商标法进行保护，商标可以是文字、图形、数字等组合，用于区分商品或服务的来源。商标权可以通过登记、公告等方式获得，并且保护期限较长，续展方便。
商标与软件产品的商业属性密切相关，保护范围较广，可以通过有形载体（如光盘和磁盘）进行保护，并在软件包装上标明软件的质量、数量及可信度。
商业秘密法保护
软件在开发过程中可以通过商业秘密法进行保护，包括采取技术保护措施和与研发人员签订保密协议等方式。商业秘密保护可以对软件作品实行整体性、完整的保护，从“表达”到“思想”均可得到保护。
商业秘密保护不需要公开大量信息，保密程度较高，适合保护具有商业价值的技术信息和经营信息。
专利法保护
对于具有创新性、新颖性和实用性的软件技术，可以通过申请专利进行保护。专利法可以对软件的技术创作思想给予合理的保护，但需要公开大量信息，且保护期限有限。
软件著作权登记
在中国，软件著作权登记是获得法律保护的重要途径。通过登记，可以获得软件著作权登记证书，用于宣传产品、解决争议、进行版权贸易等。
登记机构会定期公告软件著作权信息，增强软件的可信度和市场竞争力。
合同管理与保密措施
企业应与员工、合作伙伴等签订保密协议，防止软件源码泄露和未经授权的复制和使用。
通过合理估计软件需求、建立软件统计表、定期检查和纠正盗版行为等措施，确保软件版权的有效保护。
版权声明与标识
在软件作品上注明作者姓名、作品名称以及版权声明，以提醒他人尊重版权。
综合以上几种保护方式，企业可以根据自身需求选择合适的保护策略，以确保软件权利的全面和有效保护。同时，及时进行软件著作权登记和商标申请，可以在发生纠纷时提供有力的法律证据。