软件设计文档的收费方式通常有以下几种：
按项目总造价百分比收费
对于100万元以上的项目，设计费为总造价的3%-3.5%。
对于50-100万元的项目，设计费为总造价的3%-5%。
对于10-50万元的项目，设计费为总造价的4%-6%。
对于10万元以下的项目，设计费按每平方米40-80元计算。
按项目阶段收费
投标前期只收取相应方案设计工本费，方案效果图400元/张，方案平面图15元/平方米。整体设计包括方案设计、设计说明、版面制作等，同时制作标书一本。
单项计费
室内效果图制作：400元/张。
外立面制作：1000-2000元/张。
平面图、施工图制作：200-600元/张。
标书制作：按实际成本收费。
造价预算及装饰材料样板：按实际制作成本收费。
按时间收费
有些设计公司可能会根据项目所需时间来收费，具体费用需要与设计公司详细沟通。
固定费用
对于某些标准化的设计任务，设计公司可能会提供固定费用的服务。
建议
明确需求：在开始设计项目之前，与客户明确设计需求、项目范围和预算，以便选择合适的收费方式。
详细沟通：与设计公司详细讨论项目的各个阶段和具体费用，确保双方对费用有清晰的理解和认同。
签订合同：在确定收费标准后，签订正式的设计服务合同，明确双方的权利和义务，避免后续的误解和纠纷。
通过以上方式，可以确保软件设计文档的收费既合理又透明。