在Linux中进行多文件编程的编译，通常有以下几种方法：
使用gcc或g++命令
将所有源文件一起编译，并指定输出文件名。例如，假设有两个源文件`main.c`和`function.c`，可以使用以下命令进行编译和链接：
```sh
gcc -o output main.c function.c
```
或者对于C++源文件：
```sh
g++ -o output main.cpp function.cpp
```
其中，`-o`参数用于指定输出文件名。
使用make命令
在项目的根目录下创建一个名为`Makefile`的文件，并在其中定义编译和链接规则。例如：
```makefile
output: main.o function.o
gcc -o output main.o function.o
```
然后在终端中运行`make`命令，它将根据`Makefile`中的规则编译所有源文件并生成可执行文件。
使用CMake
CMake是一个跨平台的自动化构建工具，可以生成各种不同类型的构建系统（如Makefile、Visual Studio项目等），从而使项目能够在不同的操作系统和开发环境下被编译和运行。
使用Automake和Autoconf
Automake和Autoconf是一对工具，可以用来简化Makefile的编写和管理，从而减少配置的复杂性。
建议
对于简单的项目，可以直接使用`gcc`或`g++`命令进行编译。
对于复杂的项目，建议使用`make`命令来自动化编译和链接过程，并通过编写`Makefile`来管理项目。
对于跨平台的项目，可以考虑使用CMake来生成构建系统，以便在不同环境中进行编译和部署。