三个孔的法兰编程步骤如下：
确定孔的位置和大小
根据法兰孔的位置设置工件坐标系，一般采用G54-G59等工件坐标系。
设置加工参数
在程序开头，设置进给速度、主轴转速、冷却液喷射等参数，具体需要根据材料和孔径进行调整。
定位钻头
使用G71或G81等深度钻孔指令，将钻头定位到法兰孔的中心。
设置钻孔深度和孔径
使用G90或G91等绝对或相对编程方式，根据需要进行孔的钻深，一般需要设置钻孔深度和孔径。
孔钻完毕后操作
在每次孔钻完毕后，使用M08或M09等停止或打开冷却液指令。
使用G00等快速移动指令将钻头移至下一个孔位，重复以上操作即可。
程序结尾
在程序结尾，使用M30或M02等停止程序指令。
建议
注意事项：
程序中要考虑到钻孔时的切削力、散热等因素，必要时还需要加入刀具台切换、切割油液喷射和冷却等指令。
优化建议：
可以使用宏程序或模块化编程来简化重复性操作，提高编程效率。
在实际编程过程中，建议进行模拟仿真，确保加工过程顺利。