应用软件二次开发的方法如下：
评估现有软件
了解现有软件的功能、架构和接口，确定可以进行哪些定制修改和功能扩展。
明确需求
与客户沟通，明确其个性化需求，包括功能需求、性能需求、界面需求等。
技术选型
根据需求选择合适的开发工具、编程语言和框架，确保开发过程高效且符合现有系统的技术要求。
开发流程
原有程序分析：仔细分析现有程序的结构和功能，了解现有代码的组织和逻辑。
功能开发：根据需求规划，逐步添加或修改功能，确保新功能与原有功能的兼容性。
测试和优化：进行各种测试，包括功能测试、兼容性测试和性能测试等，及时修复bug并优化性能。
接口和源码
如果软件公司提供二次开发接口和源码，利用这些接口和源码进行开发会更加方便。
如果软件公司只提供软件，可能需要自行熟悉软件的核心代码和数据结构，或者寻找其他开发者进行二次开发。
版本控制
使用版本控制系统（如Git）管理代码，确保代码的安全性和可追溯性。
文档和说明
在开发过程中，编写详细的文档和说明，包括安装、使用教程、代码说明等，以便后续维护和升级。
测试和部署
在开发完成后，进行全面的测试，确保二次开发的软件在各种环境下都能正常运行。
部署二次开发的软件，并进行宣传推广，吸引用户体验和使用。
通过以上步骤，可以有效地进行应用软件的二次开发，满足客户的个性化需求并提升软件的使用体验。