《忍者》这首歌曲的歌词含义主要围绕忍者的形象、生活以及他们的内心世界展开。歌词中通过描绘忍者的生活场景和动作，如居酒屋里的小神龛、喝味噌汤、观看庭园假山、在角落吹暗箭等，展现了忍者神秘、隐秘的生活方式。同时，歌词中也提到了忍者的战斗与情感，如“忍者蒙着脸 在角落吹暗箭 心里 幕府又重现”，表现了忍者在执行任务时的冷静和果断。
此外，歌词中还穿插了一些日本文化元素，如京都的夜晚、榻榻米、神社许愿等，以及武士刀、樱花等象征性的物品，进一步强化了歌曲的忍者主题。
综合来看，《忍者》这首歌的歌词含义是通过对忍者生活的描绘和象征性物品的运用，表达了忍者这一特殊职业的神秘性、隐秘性和战斗精神，同时也反映了古代日本的文化和生活方式。