电影《雏菊》通过其凄美的爱情故事和复杂的人物关系，探讨了多个深刻的主题：
爱情的纯粹与牺牲
电影中的主人公们，无论是画家惠瑛、国际刑警正佑，还是被世人鄙视的杀手，他们的爱情都是纯粹而无私的。他们愿意为所爱之人牺牲自己，这种献身精神体现了人性中的真善美。
身份与爱情的冲突
杀手身份的正佑和警察正佑，两个男人爱上了同一个女人惠瑛，这种身份的对立使得他们的爱情充满痛苦和无奈。正佑作为警察，必须遵守法律，而杀手身份却让他无法与所爱之人公开相爱，这种矛盾最终导致了悲剧的发生。
等待与真实
电影中有一句经典台词：“你曾以这样或者那样的假相出现，你不曾告诉我，哪一次的你才是真实。”这句话表达了电影中人物对真实自我的追求和对爱情的执着。他们愿意等待，直到找到那个最真实的自己，并愿意为对方展现这一面。
爱情的短暂与永恒
电影的主题歌中唱到：“人的主要的希望——就是要在与他人的彼此关系中得到一种感觉。这种感觉是短暂的，甚至是一瞬的。”这表达了电影中爱情虽然短暂，但人们仍然愿意去追求和珍惜这份感觉。
真善美的压抑与悲哀
电影中的三位主人公都有着真善美的品质，但由于社会的偏见和身份的束缚，他们的这些品质无法得到伸张，最终只能付出生命的代价。这种对真善美的压抑和悲哀，让人感受到人性的无奈和沉重。
总的来说，《雏菊》通过其动人的爱情故事和深刻的主题，探讨了爱情、牺牲、身份冲突、等待与真实、爱情的短暂与永恒以及真善美的压抑与悲哀等多个方面，给观众留下了深刻的印象。