《沙丘》主要讲述了一个太空王朝的起源、崛起和传承的故事。故事背景设定在一个遥远的未来星系帝国中，涉及几大家族和统治者的星球。厄崔迪家族是故事的主线，他们在沙丘星球上建立据点，并掌控了盛产香料的资源。香料不仅维持生命，还对身体有益，对宇航公会的领航员来说，香料是找到星球间安全通行航线的关键。
故事围绕厄崔迪家族的族长雷托公爵、他的儿子保罗和妻子杰西卡，以及其他大臣和军队展开。保罗通过香料获得预知命运的能力，并带领弗里曼人抵抗哈肯尼家族的迫害，最终成为沙丘的主宰。整个故事探讨了个人成长、超越自我以及影响世界的主题。
具体情节包括：
家族迁移与权力斗争：
亚崔迪家族在皇帝的命令下，从水世界卡拉丹迁移到阿拉吉斯（沙丘星球），接管原本由哈肯尼家族控制的香料开采。这一命令实际上是哈肯尼家族与皇帝合谋的陷阱，目的是彻底摧毁亚崔迪家族。
保罗的成长与觉醒：
保罗随父亲前往厄拉科斯，发现这个沙漠星球上盛产着宇宙中最珍贵的物质——香料。他在经历了种种考验和挑战后，成功地领导弗瑞曼人（阿拉吉斯的土著居民）反抗哈肯尼家族的统治，并最终成为了弗瑞曼人的领袖和穆哈迪，实现了对阿拉吉斯的控制。
生态与宗教体系：
赫伯特创造了一个详尽的生态学和宗教体系，弗瑞曼人的文化和宗教信仰与沙漠环境紧密相连，他们崇拜沙漠，称其为“夏胡露”，并相信沙漠中隐藏着神秘的生物和力量。这种生态和宗教的结合，为《沙丘》增添了深刻的哲学思考，探讨了人类与自然环境的关系。
《沙丘》不仅是一部科幻小说，还深入探讨了权力、家族、命运和未来的主题。故事中的宇宙被多个家族和势力分割，每个家族都有自己的领地和势力范围。香料是最重要的资源，它不仅是一种珍贵的物质，也是政治斗争的核心。