叔叔的妹妹应该被称为“姑姑”。在中文的亲属称谓体系中，“姑姑”是指父亲的姐妹，而叔叔作为父亲的弟弟，其妹妹自然也是父亲的姐妹，因此称呼为“姑姑”是恰当且符合中文习惯的。
此外，虽然存在一些特殊情况或地方性的称呼差异，例如有些地方可能会将“姑姑”简称为“姑”或“姑妈”，但这些称呼并不普遍适用于所有情况，且通常是在特定的文化或家庭背景下使用。因此，在大多数情况下，称呼叔叔的妹妹为“姑姑”是最为准确和普遍接受的。