元朝皇帝短命的原因是多方面的，主要包括以下几点：
没有完善的继承制度和选拔制度：
元朝没有像汉族那样明确的嫡长子继承制，导致皇位继承充满了争夺和混乱。蒙古人的继承制度复杂且多变，既有推举产生大汗的传统，又有“幼子守灶”的财产继承制，这些并存的制度造成了元朝皇位继承的混乱。
皇权与臣权的关系处理不当：
元朝皇帝与丞相的关系处理不当，尤其是忽必烈时期设置的中书省制虽然限制了宰相的权力，但随着时间的推移，宰相的权力越来越大，甚至左右皇位继承权，成为皇位争夺的一大原因。
基因遗传因素：
有观点认为元朝皇帝短命的原因之一可能与基因遗传有关，但这方面的证据并不充分。
政治朝议制度的缺失：
元朝没有严格的政治朝议制度，缺乏早朝和正式的御前会议，政治问题往往由大臣们私底下解决，皇帝对朝廷的掌控力下降，这也加剧了政局的不稳定。
对汉人的残忍统治：
元朝对汉人实行了极为严苛的统治，将汉人视为卑贱的下等人，这种民族歧视政策加剧了社会矛盾，影响了国家的稳定和皇帝的统治。
官吏素质低下：
元朝实行严格的等级制度，导致官吏选拔和管理上的混乱。许多蒙古贵族不懂汉语和汉字，治理方式简单粗暴，影响了行政效率和国家治理。
贵族腐化：
从元武宗开始，元朝皇帝沉迷于奢靡生活，缺乏治国理政的能力，贵族们也普遍腐化，奢靡之风吞噬了国力，进一步加剧了国家的衰败。
军队堕落：
元朝的军队逐渐堕落，失去了往日的战斗力，无法有效应对内外威胁，这也加速了元朝的灭亡。
综上所述，元朝皇帝短命的原因是多方面的，包括继承制度不完善、皇权与臣权关系处理不当、基因遗传、政治朝议制度缺失、对汉人的残忍统治、官吏素质低下、贵族腐化和军队堕落等。这些因素共同作用，最终导致了元朝的短命。