电影《双瞳》有两个不同版本的故事：
家庭与奇幻能力
故事讲述了一对姐妹的故事，她们在生活中遭遇了不同的困境和挑战。大姐在家庭中承担着更多的责任，而小妹则在学校里遭受着同学的欺凌。随着故事的发展，两姐妹逐渐发现自己拥有一种神奇的能力，可以通过触摸物品来了解它们的过去。这种能力让她们开始寻找真相，揭开了许多隐藏的秘密，最终也帮助她们走出了困境，找回了生活的希望。
悬疑与惊悚
影片讲述了一名由于揭发同僚贪污受贿被打入“冷宫”的警察黄火土，被安排在冷门的外事组工作。他的同事受不了他直言不讳，不通人情世故，对他怒言相斥，而他老婆忍受不了他长期不回家要求和他离婚。就在他经历这一切不幸的时候，一起离奇的连环杀人案却把整个台北搞得人心恐慌。这起案件是台湾历史上头一次，警局又缺乏刑侦方面的能手，所以就交给了盟友美国联邦调查局。调查局派了一个叫做凯文·莱特的刑侦专家前来协助，而黄火土被以前的办案伙伴李丰博警告道不准他帮助凯文·莱特，因为黄火土帮助凯文·莱特破了案，那么会让台湾警界蒙羞。但是黄火土为了台湾百姓的安全还是参与其中，经过调查发现所有命案的根源都来自叱咤科技业的老板。他由于过度迷信宗教才将公司变卖，卖出所得则用来建造一座叫真仙观的地方。后来发现是被一名生有双瞳，自称可以看得见神鬼的小女孩所迷惑，通过寒冰、火坑、抽肠、刨心、拔舌等五种酷刑来满足修仙要件，只不过他们将选择对象是社会上受争议之人。最后黄火土经历一番磨难最终战胜幻觉，没有死去，侦破命案，枪杀了小女孩亚里。
这两个版本的故事虽然不同，但都涉及到了奇幻元素和悬疑惊悚的情节，探讨了命运、善恶、人性等主题。