菌株是指 从同一来源的标本中分离得到的相同菌种的纯培养物或纯分离物，以及由一个独立分离的单细胞（或单个病毒体）通过无性繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。菌株是细菌分类命名中的重要概念，它是某一微生物达到“遗传性纯”的标志。在科学研究和生产实践中，为了确保实验的可重复性和结果的准确性，必须标明所使用的菌种和菌株名称。
例如，在培养伤寒杆菌时，可以从血液、骨髓、粪便和胆汁等多种来源进行分离培养，但以胆汁中的培养物为佳，这种培养物就被称为标准株。同样，在科学研究或生产中，具有特定性状的菌株会被选作标准株，以供细菌鉴定、研究或生产对比使用。
菌株的命名通常遵循一定的规则，例如，生产蛋白酶的菌株可以命名为枯草杆菌1398，生产淀粉酶的菌株可以命名为枯草杆菌7658。这些命名有助于科研人员快速识别和区分不同的菌株。