李菁离开德云社的原因是多方面的，主要包括以下几点：
体制改革与个人感受
李菁感到在德云社体制改革中受到冷落，职务、股份和演出收入都不理想，感觉自己虽然是元老，但郭德纲却提拔了栾云平做副总，自己反而受到栾云平的安排和压制。
商业化与艺术理念的分歧
随着德云社的商业化，李菁发现相声在德云社中的表达变得越来越商业化，缺少了最初的纯粹。他坚持认为相声演员必须先打好基本功，而德云社的做法是只要有表演天赋，经过短期培训就可以登台，这与他认为的相声艺术理念相冲突。
内心不满与团队矛盾
李菁在团队会议中提出的关于演出内容和形式的看法遭到郭德纲的强烈反驳，这一事件成为他内心不满情绪的导火索，让他开始反思自己在德云社中的定位。
个人职业发展规划
李菁意识到自己在团队中的定位可能不会得到更大的发展空间，因此决定离开德云社，希望能够开创出自己的新天地。
艺术追求与价值观的拷问
李菁逐渐意识到自己的艺术追求与环境之间的矛盾，这不仅关乎个人的职业规划，更是对自身价值观的深刻拷问。他选择离开是为了追寻更为真实的自我和艺术真谛。
综上所述，李菁离开德云社的原因是多方面的，包括对体制改革和个人感受的不满、商业化与艺术理念的分歧、内心不满与团队矛盾、个人职业发展规划以及艺术追求与价值观的拷问。这些因素共同作用，促使他最终做出了离开德云社的决定。