袁崇焕被凌迟的原因是多方面的，主要包括以下几点：
与崇祯皇帝的关系不稳固：
崇祯皇帝对袁崇焕存在不信任感，这种不信任主要源于袁崇焕的一些行为和政策与崇祯的想法存在差异。例如，袁崇焕在处理与毛文龙的关系时，未经崇祯同意就擅自将其杀死，并接管了皮岛，这一行为引起了崇祯对袁崇焕的不满和怀疑。
军事策略的争议：
袁崇焕选择了打开城门，将清军引入城内然后逐个击破的战术，虽然有效但也存在高风险。这种战术让崇祯起了疑心，开始怀疑袁崇焕的忠诚度。
通敌的嫌疑：
皇太极使用反间计，俘虏了几个明朝的士兵或太监，假意说袁崇焕要投降，并故意放了他们回去向皇上报告。虽然这可能是皇太极的反间计，但崇祯皇帝却信以为真，对袁崇焕产生了更深的怀疑。
未能实现复辽承诺：
袁崇焕在五年复辽的承诺上未能实现，使得崇祯对他失去了信任。尽管事后袁崇焕解释自己当初的话是为了安慰皇上，但崇祯已经认为袁崇焕是在欺骗他。
其他政治因素：
袁崇焕被凌迟的罪名还包括谋反等，但实际上他并没有谋反的意图和行为。这些罪名可能是由于政治斗争和误解所致。
综上所述，袁崇焕被凌迟处死的原因是多方面的，包括与崇祯皇帝的关系不稳固、军事策略的争议、通敌的嫌疑、未能实现复辽承诺以及其他政治因素。他的悲剧命运反映了明末政治的复杂性和残酷性。