碱基对是指在DNA或RNA分子中， 一对相互匹配的碱基通过氢键连接起来的化学结构。这些碱基包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T，仅存在于DNA中）和胞嘧啶（C，仅存在于DNA中）或尿嘧啶（U，仅存在于RNA中）。碱基对的配对原则是：腺嘌呤（A）与胸腺嘧啶（T）配对，鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）配对；在RNA中，腺嘌呤（A）与尿嘧啶（U）配对。
碱基对是形成DNA和RNA单体以及编码遗传信息的基本化学结构。在DNA双链中，碱基对以互补的方式相互配对，形成双螺旋结构，这种结构在DNA复制和转录过程中起着关键作用。尽管RNA通常是单链结构，但碱基对的概念仍然适用，因为RNA链中的碱基也会通过氢键形成局部的双链结构，例如在tRNA的反密码子环与mRNA的密码子进行配对。
碱基对的数量通常用于衡量DNA或RNA的长度，例如人类基因组大约包含30亿个DNA碱基对。此外，碱基对的概念还与核苷酸互换使用，尽管核苷酸是由一个五碳糖、磷酸和一个碱基组成的单分子。